Ada beberapa organisasi di MA Nurul Amin yang bisa dijadikan siswa siswi untuk mengebangkan dirinya diluar KBM
1. Majelis Perwakilan Kelas ( MPK)
MPK didirikan dan dilantik pada tahun 2018 oleh ustadz Su’udi selaku kepala Madrasah. Keanggotan MPK ini direkrut dengan ketat dari kelas 11 dan 12. Tidak semua bisa masuk pada kepengurusan MPK sebelum teruji komitmen dan ke – Organisasiannya. Wilayah kerjanya MPK adalah mengawasi dan membimbing kinerja OSIM MA Nurul Amin untuk mencapai target dan program yang disusun oleh OSIM dan telah dipresentasikan kepada semua dewan guru dan pembina.
2. Organisasi Siswa Intra Madrasah (OSIM)
OSIM adalah organisasi yang rekrutmen keanggotaannya diambil dari kelas 10 dan 11 dengan seleksi yang sangat ketat. Yang punya komitmen kuat dan siap lahir batin untuk mengembangkan dirinya di OSIM saja yang bisa lolos masuk pada Organisasi ini.Wilayah kerjanya adalah membuat program OSIM yang meliputi ketertiban, keamanan, kebersihan, keindahan, dan pengembangan keorganisasian dan keilmuan selama setahun.
Lihat video : https://www.instagram.com/p/CTV2ioxJ4c9/?utm_source=ig_web_copy_link
3. Ikatan Pelajar Nahdhatul Ulama ((IPNU) dan Ikatan Pelajar Putri Nahdhatul Ulama (IPPNU)Sambung sanad keorganisasian lewat IPNU dan IPPNU adalah penting kami lakukan dibawah bendera Nahdhatul Ulama agar secara ruhaniyah lembaga Ma Nurul Amin terus dalam bimbingan para guru dan Muassis Nahdhatul Ulama. Karena MA Nurul Amin ini merupakan cikal bakal kader NU dimasa yang akan datang.